Mikroorganizme pogosto povezujemo le z boleznimi, vendar mikrobi niso samo slabi. V simbiozi z nami živi združba mikrobov, ki jo imenujemo mikrobiom, in največji del človeškega mikrobioma se nahaja v črevesju. Obsega večinoma bakterije, a tudi kvasovke in viruse. Znanost sicer še ni opredelila sestave zdrave mikrobiote, vendar pa se znanstveniki vse bolj strinjajo, da sta pestrost in uravnoteženost koristnih vrst mikrobov ključni za zdravje.